Навијачи Војводине су и поред распада државе, почетка грађанског рата и велике економске кризе имали прилике да почетком последње деценије прошлога века гледају добар фудбал. Агилно рукводство предвођено Милорадом Косановићем и Милутином Попиводом успело је да окупи тим који је играо најлепши фудбал у СР Југославији. Тренер Јован Коврлија успео је да направи одличан спој играча из омладинске школе (Тривић, Босанчић, Живковић, Вуков, Шаула, Јелачић, Самарџић, Бајчетић и Хајдић) и играча са других страна (Коцић, Брзаковић, Ћурко, Јездимировић, Кунтић, Шарчевић, Којичић Тељиговић, Веско Михајловић, Говедарица и Сабо). Новосађани су од сезоне 1991/92 па до 1996/97 увек освајали треће место у шампионату. Свима је било јасно да, поред спортске среће, Војводина једноставно није имала довољно снажну управу која би била у стању да испрати у свим потребним аспектима такмичења квалитет тима. Као изузетак, у сезони 1994/95. године Војводина је стигла до јесење титуле, али до коначног тријумфа ипак се није могло. У години у којој је београдска Црвена звезда славила 50 година постојања, илузорно је било очекивати да ће политичка елита дозволити да “тим из провинције” помрси рачуне тзв. институцији српског фудбала, те су Новосађани завршили првенство као трећепласирани. Тренер Војводине је тада био Милорад Косановић, а следећи играчи су поносно носили дрес Војводине: Коцић, Савић, Сабо, Халилагић, Бјеговић, Јездимировић, Шаула, Вукотић, Драгићевић, Говедарица, Радојичић, Глушчевић, Шараба, Миљковић, Шћепановић, Самарџић, Грујић, Ожеговић и Глушчевић.

Због санкција Уједињених Нација, Војводина није могла да се такмичи у европским куповима тих сезона и остало је велико питање колико је та генерација вредела као тим на интернационалној сцени. Међутим, остало је запамћено да је Ајакс у сезони када је постао освајач Лиге шампиона одиграо меч у Амстердаму са Војводином, у којем је “стара дама” српског фудбала часно поражена резултатом 3:2. Тешка економска ситуација приморавала је руководство Војводине да константно продаје своје најбоље играче, али великом заслугом омладинске школе, као и мудром куповином, Воша је успевала да опстане у врху југословенског фудбала. 1997. године фудбалери Војводине су успели да се пласирају у друго финале купа у историји, где им је противник била Црвена звезда. У двомечу Београђани су победили резултатом 1:0, а до победе су дошли после контроверзног пенала, као и поништеног гола нападача “лала” Дамира Стојака у задњим минутима другог меча. До полуфиналног меча са Јединством на клупи је седео Драгољуб Беквалац, а до краја такмичења Новосађане је преводио Љупко Петровић. За Војводину су те сезоне играли следећи играчи: Мијановић, Алексић, Грујић, Халилагић, Дунђерски, Драгић, Братић, Васић, Врањеш, Шоргић, Миљковић, Цилиншек, Стојак, Васковић, Ђурковић и Леринц.

Овај неуспех није спутао Новосађане и у сезони 1998/99 исписали су своју можда и најлепшу страницу историје у европским такмичењима. Новосађани су на опште изненађење почели да ређају победе у Интертото Купу: прво је избачен норвешки Стабек, затим шведски Еребро и руска Балтика. У полуфиналу Војводини се испречила француска Бастија, тим из тадашње земље светских првака. После првог меча, који је Војводина изгубила са 2:0, сви су отписали Новосађане. У узвратној утакмици црвено-бели су направили подвиг, ношени френетичном подршком 12000 највернијих навијача и победили са 4:0. У финалу овог такмичења Војводина је играла са немачким Вердером и била је поражена укупним резултатом 2:1, изгубивши први меч у Бремену минималним резултатом 1:0 и одигравши “само” 1:1 у Новом Саду (иако је Воша на полувремену водила са 1:0). На клупи Војводине тада је седео Томислав Тоша Манојловић, а црвено-бели дрес су носили: Жилић, Шушкавчевич, Врањеш, Цилиншек, Лазетић, Дринчић, Мудринић, Васић, Братић, Матијашевић, Мрдак, Леринц, Драгић, Јанковић и Предић.

Нико тада није ни сањао да ће се Војводина после овог историјског успеха ускоро борити за материјални и такмичарски опстанак у елити. Штрајк играча и прекид сезоне 1998/99 због НАТО бомбардовања, мистериозни одлазак тадашњег директора Светозара Шапурића и нестанак клупских пара отворили су амбис из којег Војводина дуго није изашла. Управе и тренери мењали су се готово филмском брзином, давана су велика обећања, али ситуација у Војводини је била све гора и гора. Међутим, и у то доба посртања новосадског прволигаша велики број талентованих фудбалера је облачио дрес Војводине: Аврамов, Тодић, Танасијевић, Батак, Милан Јовановић, Францишковић, Белић, Красић и Степанов.

Као последњи чин очаја навијачи Војводине окупљени око група Фирма и Стара Гарда су 2005. године преузели скупштину клуба како би јавности указали на катастрофално стање у клубу. Уз нове људе у управи, клуб постепено стаје на ноге, што се огледа и у добрим резултатима на домаћој сцени. Освојена је четврта вицешампионска титула у историји у сезони 2008/09, док се успехом може сматрати и учешће у још два финала Купа Србије (нажалост, и ових пута без трофеја), 2007. и 2010. године. Такође, клуб је трипут узастопце учествовао у европским такмичењима (Куп УЕФА и Лига Европе – сезоне 2007/08, 2008/09 и 2009/10) када је избачен од противника који данас заузимају истакнуто место на фудбалској мапи Европе – Атлетико Мадрид, Хапоел Тел Авив и Аустрија Беч. Таквим резултатима кумовали су, између осталих, Качар, Деспотовић, Тадић, Кизито, Алексић, Пекарић, Стошић, … Са аспекта инфраструктуре, Спортски центар „Вујадин Бошков“ претворен је у један од најмодернијх спортских објеката у овом делу Европе и представља одличну базу за стварање нових асова у годинама које следе. А у тим годинама писаће се нове (надајмо се за понос) странице историје нашег клуба, а једно значајно поглавље биће заокружено 2014. године, када ће клуб прославити 100 година постојања.